| chr1 |
1551927 |
. |
T |
C |
34656.9 |
PASS |
AF=0.976488;AO=4497;DP=4891;FAO=1952;FDP=1999;FDVR=10;FR=.;FRO=47;FSAF=1084;FSAR=868;FSRF=2;FSRR=45;FWDB=0.0159933;FXX=0.0005;GCM=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=380.213;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=69.3484;RBI=0.0224734;REFB=-0.0597916;REVB=0.0157883;RO=0;SAF=2501;SAR=1996;SPD=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512173;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00148121 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:28:4626:1999:0:47:4497:1952:0.976488:1996:2501:0:0:868:1084:2:45 |
| chr1 |
2488112 |
. |
T |
C |
4600.06 |
PASS |
AF=0.479419;AO=380;DP=810;FAO=396;FDP=826;FDVR=10;FR=.;FRO=430;FSAF=251;FSAR=145;FSRF=273;FSRR=157;FWDB=-0.00588545;FXX=0.00481928;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=435.269;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=22.2763;RBI=0.013853;REFB=0.00213375;REVB=0.0125406;RO=429;SAF=251;SAR=129;SPD=0;SRF=272;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282;STB=0.500586;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00227513 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:4600:810:826:429:430:380:396:0.479419:129:251:272:157:145:251:273:157 |
| chr1 |
2488153 |
. |
A |
G |
14481.5 |
PASS |
AF=0.984337;AO=815;DP=831;FAO=817;FDP=830;FDVR=10;FR=.;FRO=13;FSAF=509;FSAR=308;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00660091;FXX=0.00120337;GCM=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.697;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=69.7903;RBI=0.00750443;REFB=0.0176921;REVB=-0.00356995;RO=3;SAF=507;SAR=308;SPD=0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000332255;STB=0.503727;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00012135 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:4:831:830:3:13:815:817:0.984337:308:507:2:1:308:509:11:2 |
| chr1 |
2491205 |
. |
C |
T |
33906.7 |
PASS |
AF=0.994715;AO=1882;DP=1893;FAO=1882;FDP=1892;FDVR=10;FR=.;FRO=10;FSAF=1051;FSAR=831;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0123853;FXX=0.000528262;GCM=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.561;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=71.6844;RBI=0.0217483;REFB=-0.104352;REVB=0.0178771;RO=1;SAF=1051;SAR=831;SPD=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000574876;STB=0.50299;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=5.51568e-05 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
1/1:44:1893:1892:1:10:1882:1882:0.994715:831:1051:0:1:831:1051:0:10 |
| chr1 |
2494330 |
. |
G |
A |
7788.5 |
PASS |
AF=0.463585;AO=658;DP=1428;FAO=662;FDP=1428;FDVR=5;FR=.;FRO=766;FSAF=343;FSAR=319;FSRF=406;FSRR=360;FWDB=0.0130012;FXX=0;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3541;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=21.8165;RBI=0.0140326;REFB=-0.0172498;REVB=0.00528034;RO=763;SAF=343;SAR=315;SPD=0;SRF=406;SRR=357;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106071;STB=0.506394;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0196627 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:7788:1428:1428:763:766:658:662:0.463585:315:343:406:357:319:343:406:360 |
| chr1 |
2938265 |
. |
C |
T |
12675.2 |
PASS |
AF=0.510255;AO=1849;DP=3617;FAO=1020;FDP=1999;FDVR=10;FR=.;FRO=979;FSAF=488;FSAR=532;FSRF=496;FSRR=483;FWDB=-0.00136875;FXX=0.0005;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.717;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=25.3631;RBI=0.00845459;REFB=0.00247389;REVB=-0.00834306;RO=1747;SAF=883;SAR=966;SPD=0;SRF=872;SRR=875;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192822;STB=0.513824;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00248632 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:11924:3617:1999:1747:979:1849:1020:0.510255:966:883:872:875:532:488:496:483 |
| chr1 |
3800242 |
. |
A |
G |
36122.1 |
PASS |
AF=0.996;AO=2093;DP=2113;FAO=1992;FDP=2000;FDVR=10;FR=.;FRO=8;FSAF=920;FSAR=1072;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0111038;FXX=0;GCM=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.534;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=72.2441;RBI=0.0147234;REFB=-0.00224761;REVB=0.00966873;RO=1;SAF=964;SAR=1129;SPD=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000423251;STB=0.500349;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=1.56908e-06 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
1/1:57:2113:2000:1:8:2093:1992:0.996:1129:964:0:1:1072:920:3:5 |
| chr1 |
6252907 |
. |
G |
A |
5533.95 |
PASS |
AF=0.410509;AO=500;DP=1219;FAO=500;FDP=1218;FDVR=10;FR=.;FRO=718;FSAF=419;FSAR=81;FSRF=310;FSRR=408;FWDB=0.00609966;FXX=0.000820345;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.377;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=18.1739;RBI=0.0357963;REFB=-0.0140894;REVB=0.0352728;RO=706;SAF=419;SAR=81;SPD=0;SRF=310;SRR=396;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483897;STB=0.776266;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0109412 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:5533:1219:1218:706:718:500:500:0.410509:81:419:310:396:81:419:310:408 |
| chr1 |
6252946 |
. |
G |
A |
9035.88 |
PASS |
AF=0.49336;AO=743;DP=1503;FAO=743;FDP=1506;FDVR=10;FR=.;FRO=763;FSAF=420;FSAR=323;FSRF=306;FSRR=457;FWDB=-0.0450189;FXX=0;GCM=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.612;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=23.9997;RBI=0.0454689;REFB=-0.0172638;REVB=-0.00638152;RO=758;SAF=420;SAR=323;SPD=0;SRF=303;SRR=455;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152327;STB=0.582814;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0202546 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:9035:1503:1506:758:763:743:743:0.49336:323:420:303:455:323:420:306:457 |
| chr1 |
6252965 |
. |
CCA |
C |
9045.81 |
PASS |
AF=0.506173;AO=737;DP=1494;FAO=738;FDP=1458;FDVR=10;FR=.;FRO=720;FSAF=420;FSAR=318;FSRF=274;FSRR=446;FWDB=-0.0134774;FXX=0.0247492;GCM=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.305;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=24.817;RBI=0.0244345;REFB=-0.00593569;REVB=-0.0203815;RO=709;SAF=419;SAR=318;SPD=0;SRF=265;SRR=444;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174028;STB=0.592495;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00559134 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:8688:1494:1458:709:720:737:738:0.506173:318:419:265:444:318:420:274:446 |
| chr1 |
6257826 |
. |
T |
C |
11911.7 |
PASS |
AF=0.489245;AO=1291;DP=2676;FAO=978;FDP=1999;FDVR=10;FR=.;FRO=1021;FSAF=508;FSAR=470;FSRF=512;FSRR=509;FWDB=0.00646162;FXX=0.0005;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.073;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=23.8352;RBI=0.0219301;REFB=-0.01835;REVB=0.0209565;RO=1358;SAF=649;SAR=642;SPD=0;SRF=681;SRR=677;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116069;STB=0.509179;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0188025 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:11911:2676:1999:1358:1021:1291:978:0.489245:642:649:681:677:470:508:512:509 |
| chr1 |
6257856 |
. |
G |
A |
11675.9 |
PASS |
AF=0.4825;AO=1290;DP=2647;FAO=965;FDP=2000;FDVR=5;FR=.;FRO=1035;FSAF=471;FSAR=494;FSRF=521;FSRR=514;FWDB=0.0489001;FXX=0;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3372;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=23.3517;RBI=0.0518182;REFB=-0.0257239;REVB=-0.0171437;RO=1357;SAF=639;SAR=651;SPD=0;SRF=674;SRR=683;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125138;STB=0.507918;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0261305 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:11675:2647:2000:1357:1035:1290:965:0.4825:651:639:674:683:494:471:521:514 |
| chr1 |
6704635 |
. |
A |
G |
9414.27 |
PASS |
AF=0.489886;AO=765;DP=1583;FAO=775;FDP=1582;FDVR=5;FR=.;FRO=807;FSAF=293;FSAR=482;FSRF=295;FSRR=512;FWDB=-0.033582;FXX=0.000631712;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3409;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=23.8035;RBI=0.0338916;REFB=-0.00501828;REVB=-0.00457099;RO=804;SAF=290;SAR=475;SPD=0;SRF=295;SRR=509;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121476;STB=0.506809;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00463101 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/1:9414:1583:1582:804:807:765:775:0.489886:475:290:295:509:482:293:295:512 |
| chr1 |
8074254 |
. |
GT |
G |
191.088 |
NOCALL |
AF=0;AO=2;DP=141;FAO=0;FDP=236;FDVR=0;FR=.&PREDICTIONSHIFTx0.243637>0.2;FRO=236;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=133;FSRR=103;FWDB=0.0260073;FXX=0.0247934;GCM=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=16.1727;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=3.23878;RBI=0.243637;REFB=2.05415e-05;REVB=0.242245;RO=132;SAF=0;SAR=2;SPD=0;SRF=80;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
./.:191:141:236:132:236:2:0:0:2:0:80:52:0:0:133:103 |
| chr1 |
9009406 |
. |
C |
T |
36148.5 |
PASS |
AF=0.996498;AO=3863;DP=3885;FAO=1992;FDP=1999;FDVR=5;FR=.;FRO=7;FSAF=1038;FSAR=954;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.01569;FXX=0.0005;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.283;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=72.3332;RBI=0.0176519;REFB=-0.233831;REVB=-0.00808778;RO=3;SAF=2056;SAR=1807;SPD=0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000296356;STB=0.501828;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000141591 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
1/1:65:3878:1999:3:7:3863:1992:0.996498:1807:2056:1:2:954:1038:0:7 |
| chr1 |
9009444 |
. |
A |
C |
36347.7 |
PASS |
AF=0.999499;AO=3868;DP=3885;FAO=1997;FDP=1998;FDVR=5;FR=.;FRO=1;FSAF=1059;FSAR=938;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00467552;FXX=0.001;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.88;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=72.7681;RBI=0.0397681;REFB=-0.196989;REVB=0.0394923;RO=4;SAF=2039;SAR=1829;SPD=0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000441636;STB=0.500236;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000123413 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
1/1:107:3885:1998:4:1:3868:1997:0.999499:1829:2039:3:1:938:1059:1:0 |
| chr1 |
9770626 |
. |
G |
A |
617.336 |
PASS |
AF=0.00138985;AO=2;DP=1440;FAO=2;FDP=1439;FDVR=5;FR=.;FRO=1437;FSAF=1;FSAR=1;FSRF=781;FSRR=656;FWDB=0.00200469;FXX=0.000694444;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7977;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=1.71601;RBI=0.0152166;REFB=-5.84966e-05;REVB=-0.015084;RO=1394;SAF=1;SAR=1;SPD=0;SRF=739;SRR=655;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0018221;STB=0.543006;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0392841;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:617:1440:1439:1394:1437:2:2:0.00138985:1:1:739:655:1:1:781:656 |
| chr1 |
9787030 |
. |
G |
A |
93.8465 |
PASS |
AF=0.00150075;AO=8;DP=7757;FAO=3;FDP=1999;FDVR=5;FR=.;FRO=1996;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=905;FSRR=1091;FWDB=-0.0449202;FXX=0.0005;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.712;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.187787;RBI=0.0457158;REFB=-2.037e-05;REVB=0.00849196;RO=7698;SAF=5;SAR=3;SPD=0;SRF=3477;SRR=4221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00778092;STB=0.70525;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0722939;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:93:7757:1999:7698:1996:8:3:0.00150075:3:5:3477:4221:1:2:905:1091 |
| chr1 |
10459779 |
. |
G |
A |
36451.2 |
PASS |
AF=1;AO=4543;DP=4589;FAO=1998;FDP=1998;FDVR=5;FR=.;FRO=0;FSAF=1063;FSAR=935;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144318;FXX=0.001;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.749;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=72.9754;RBI=0.0354183;REFB=0;REVB=-0.0323447;RO=0;SAF=2385;SAR=2158;SPD=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43832e-07 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
1/1:131:4570:1998:0:0:4543:1998:1:2158:2385:0:0:935:1063:0:0 |
| chr1 |
10460485 |
. |
T |
C |
36397.6 |
PASS |
AF=0.999499;AO=9026;DP=9067;FAO=1997;FDP=1998;FDVR=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1097;FSAR=900;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157567;FXX=0.001;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.869;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=72.868;RBI=0.0185678;REFB=-0.0919231;REVB=0.00982277;RO=3;SAF=5047;SAR=3979;SPD=0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.93371e-05;STB=0.500278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=1.78149e-05 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
1/1:115:9067:1998:3:1:9026:1997:0.999499:3979:5047:2:1:900:1097:0:1 |
| chr1 |
10473196 |
. |
C |
T |
36349.5 |
PASS |
AF=0.998999;AO=3662;DP=3723;FAO=1996;FDP=1998;FDVR=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1239;FSAR=757;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0173195;FXX=0.001;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.55;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=72.7718;RBI=0.0265927;REFB=-0.0664014;REVB=-0.0201794;RO=1;SAF=2273;SAR=1389;SPD=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000210399;STB=0.500403;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=3.31906e-05 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
1/1:103:3672:1998:1:2:3662:1996:0.998999:1389:2273:1:0:757:1239:2:0 |
| chr1 |
10479634 |
. |
TC |
TG,TGG |
35536.8 |
PASS |
AF=0.99949,0;AO=3901,150;DP=4152;FAO=1959,0;FDP=1960;FDVR=5,5;FR=.,.;FRO=1;FSAF=845,0;FSAR=1114,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00461273,0.0103115;FXX=0.02;GCM=0,0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=71.4827,49.9162;PB=0.5,0.5;PBP=1,1;PPD=1,0;QD=72.524;RBI=0.105824,0.0772725;REFB=-0.103002,-0.131527;REVB=-0.105723,-0.0765814;RO=1;SAF=1728,5;SAR=2173,145;SPD=0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.000276636,-0.08613;STB=0.500296,0.5;STBP=0.296,1;TYPE=snp,complex;VARB=-6.06141e-05,0 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
1/1:113:4148:1960:1:1:3901,150:1959,0:0.99949,0:2173,145:1728,5:1:0:1114,0:845,0:1:0 |
| chr1 |
10479678 |
. |
G |
A |
36258.7 |
PASS |
AF=0.997998;AO=3785;DP=3826;FAO=1994;FDP=1998;FDVR=5;FR=.;FRO=4;FSAF=1049;FSAR=945;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00958217;FXX=0.001;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.073;PB=0.5;PBP=1;PPD=0;QD=72.5899;RBI=0.0345311;REFB=-0.11316;REVB=-0.033175;RO=9;SAF=2018;SAR=1767;SPD=0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000102008;STB=0.500951;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000156674 |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
1/1:85:3826:1998:9:4:3785:1994:0.997998:1767:2018:5:4:945:1049:4:0 |
| chr1 |
11168337 |
. |
T |
C |
131.31 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=2153;FAO=0;FDP=2000;FDVR=5;FR=.;FRO=2000;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=1010;FSRR=990;FWDB=-0.0240261;FXX=0;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.362;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.26262;RBI=0.0427993;REFB=-5.58588e-07;REVB=-0.0354193;RO=2142;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=1082;SRR=1060;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:2153:2000:2142:2000:0:0:0:0:0:1082:1060:0:0:1010:990 |
| chr1 |
11168338 |
. |
C |
A,G |
131.331 |
PASS |
AF=0,0;AO=0,0;DP=2153;FAO=0,0;FDP=2000;FDVR=5,5;FR=.,.;FRO=2000;FSAF=0,0;FSAR=0,0;FSRF=1010;FSRR=990;FWDB=0.0267691,0.0115919;FXX=0;GCM=0,0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=81.3936,86.9841;PB=.,.;PBP=.,.;PPD=0,0;QD=0.262663;RBI=0.0416429,0.0214849;REFB=0.000219384,-0.000203215;REVB=-0.031899,0.0180895;RO=2142;SAF=0,0;SAR=0,0;SPD=0,0;SRF=1082;SRR=1060;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0,0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:2153:2000:2142:2000:0,0:0,0:0,0:0,0:0,0:1082:1060:0,0:0,0:1010:990 |
| chr1 |
11169361 |
. |
C |
G |
130.742 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=3765;FAO=0;FDP=1991;FDVR=5;FR=.;FRO=1991;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=955;FSRR=1036;FWDB=-0.00714687;FXX=0.0045;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4959;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262666;RBI=0.0200601;REFB=2.21278e-08;REVB=0.0187437;RO=3739;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=1809;SRR=1930;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:130:3765:1991:3739:1991:0:0:0:0:0:1809:1930:0:0:955:1036 |
| chr1 |
11169375 |
. |
A |
C |
131.232 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=3766;FAO=0;FDP=1999;FDVR=10;FR=.;FRO=1999;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=961;FSRR=1038;FWDB=-0.00706183;FXX=0.0005;GCM=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.538;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262596;RBI=0.0106593;REFB=7.58887e-07;REVB=0.00798437;RO=3764;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=1809;SRR=1955;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:3766:1999:3764:1999:0:0:0:0:0:1809:1955:0:0:961:1038 |
| chr1 |
11169376 |
. |
A |
T |
131.331 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=3766;FAO=0;FDP=2000;FDVR=5;FR=.;FRO=2000;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=961;FSRR=1039;FWDB=-0.000495237;FXX=0;GCM=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6488;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262662;RBI=0.000513229;REFB=-3.18378e-09;REVB=-0.0001347;RO=3764;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=1809;SRR=1955;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:3766:2000:3764:2000:0:0:0:0:0:1809:1955:0:0:961:1039 |
| chr1 |
11169377 |
. |
T |
A |
131.266 |
PASS |
AF=0;AO=1;DP=3772;FAO=0;FDP=1999;FDVR=10;FR=.;FRO=1999;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=960;FSRR=1039;FWDB=0.00919692;FXX=0.0005;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=525.065;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262663;RBI=0.0114093;REFB=9.29804e-08;REVB=0.00675193;RO=3751;SAF=1;SAR=0;SPD=0;SRF=1799;SRR=1952;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:3772:1999:3751:1999:1:0:0:0:1:1799:1952:0:0:960:1039 |
| chr1 |
11174395 |
. |
A |
C,G,T |
84.9565 |
PASS |
AF=0,0.002,0;AO=0,8,0;DP=4323;FAO=0,4,0;FDP=2000;FDVR=5,10,5;FR=.,.,.;FRO=1996;FSAF=0,3,0;FSAR=0,1,0;FSRF=1062;FSRR=934;FWDB=0.00455068,-0.00502347,-0.00475336;FXX=0;GCM=0,0,0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=117.794,105.218,126.964;PB=.,.,.;PBP=.,.,.;PPD=0,0,0;QD=0.169913;RBI=0.0178959,0.047227,0.0475743;REFB=3.55753e-05,-4.47067e-05,-5.08486e-05;REVB=-0.0173076,0.0469591,0.0473362;RO=4280;SAF=0,5,0;SAR=0,3,0;SPD=0,0,0;SRF=2325;SRR=1955;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.45033e-08,0.00646233,-3.45033e-08;STB=0.5,0.723654,0.5;STBP=1,0.404,1;TYPE=snp,snp,snp;VARB=0,0.0172914,0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:84:4323:2000:4280:1996:0,8,0:0,4,0:0,0.002,0:0,3,0:0,5,0:2325:1955:0,1,0:0,3,0:1062:934 |
| chr1 |
11174418 |
. |
T |
G |
131.118 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=4334;FAO=0;FDP=1997;FDVR=10;FR=.;FRO=1997;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=1085;FSRR=912;FWDB=-0.005247;FXX=0.0015;GCM=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=459.092;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262629;RBI=0.0275078;REFB=-1.71575e-07;REVB=-0.0270027;RO=4317;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=2316;SRR=2001;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:4334:1997:4317:1997:0:0:0:0:0:2316:2001:0:0:1085:912 |
| chr1 |
11174420 |
. |
C |
T |
131.331 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=4337;FAO=0;FDP=2000;FDVR=5;FR=.;FRO=2000;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=1064;FSRR=936;FWDB=0.0539423;FXX=0;GCM=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0751;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262661;RBI=0.0838936;REFB=6.31686e-07;REVB=0.0642524;RO=4334;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=2323;SRR=2011;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:4337:2000:4334:2000:0:0:0:0:0:2323:2011:0:0:1064:936 |
| chr1 |
11177096 |
. |
C |
A,G,T |
74.792 |
PASS |
AF=0,0,0;AO=0,0,0;DP=1139;FAO=0,0,0;FDP=1139;FDVR=10,5,5;FR=.,.,.;FRO=1139;FSAF=0,0,0;FSAR=0,0,0;FSRF=645;FSRR=494;FWDB=0.00873441,0.00565724,-0.00202541;FXX=0;GCM=0,0,0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=497.713,172.458,171.406;PB=.,.,.;PBP=.,.,.;PPD=0,0,0;QD=0.262658;RBI=0.00999567,0.00609061,0.00424639;REFB=2.0874e-06,0.000319312,-0.000324156;REVB=0.00486041,-0.00225636,-0.00373223;RO=1134;SAF=0,0,0;SAR=0,0,0;SPD=0,0,0;SRF=642;SRR=492;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.06427e-08,3.06427e-08,3.06427e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;VARB=0,0,0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:74:1139:1139:1134:1139:0,0,0:0,0,0:0,0,0:0,0,0:0,0,0:642:492:0,0,0:0,0,0:645:494 |
| chr1 |
11182158 |
. |
A |
C |
101.171 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=1541;FAO=0;FDP=1541;FDVR=10;FR=.;FRO=1541;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=854;FSRR=687;FWDB=0.00734707;FXX=0;GCM=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.788;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262611;RBI=0.0448544;REFB=-1.94181e-07;REVB=-0.0442485;RO=1526;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=848;SRR=678;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:101:1541:1541:1526:1541:0:0:0:0:0:848:678:0:0:854:687 |
| chr1 |
11182170 |
. |
C |
A |
101.099 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=1544;FAO=0;FDP=1540;FDVR=5;FR=.;FRO=1540;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=849;FSRR=691;FWDB=-0.0152081;FXX=0.00259067;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.325;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262596;RBI=0.0326156;REFB=-5.35266e-07;REVB=-0.0288529;RO=1531;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=845;SRR=686;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:101:1544:1540:1531:1540:0:0:0:0:0:845:686:0:0:849:691 |
| chr1 |
11182179 |
. |
G |
T |
101.094 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=1538;FAO=0;FDP=1540;FDVR=5;FR=.;FRO=1540;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=844;FSRR=696;FWDB=-0.00843426;FXX=0.00323625;GCM=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9536;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262582;RBI=0.0402143;REFB=3.2941e-06;REVB=0.0393199;RO=1536;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=841;SRR=695;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32676e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:101:1538:1540:1536:1540:0:0:0:0:0:841:695:0:0:844:696 |
| chr1 |
11184559 |
. |
G |
A |
115.596 |
PASS |
AF=0.000500501;AO=5;DP=7356;FAO=1;FDP=1998;FDVR=5;FR=.;FRO=1997;FSAF=1;FSAR=0;FSRF=1249;FSRR=748;FWDB=-0.0103696;FXX=0.001;GCM=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1706;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.231424;RBI=0.0431835;REFB=-6.69453e-07;REVB=-0.04192;RO=7310;SAF=4;SAR=1;SPD=0;SRF=4641;SRR=2669;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005268;STB=0.987788;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00791619;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:115:7356:1998:7310:1997:5:1:0.000500501:1:4:4641:2669:0:1:1249:748 |
| chr1 |
11184568 |
. |
G |
A |
93.9082 |
PASS |
AF=0.0015;AO=11;DP=7372;FAO=3;FDP=2000;FDVR=5;FR=.;FRO=1997;FSAF=3;FSAR=0;FSRF=1269;FSRR=728;FWDB=0.000195136;FXX=0;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.752;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.187816;RBI=0.0182936;REFB=-7.21517e-06;REVB=-0.0182926;RO=7337;SAF=9;SAR=2;SPD=0;SRF=4647;SRR=2690;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126857;STB=0.99579;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0417965;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:93:7372:2000:7337:1997:11:3:0.0015:2:9:4647:2690:0:3:1269:728 |
| chr1 |
11184570 |
. |
A |
G |
103.986 |
PASS |
AF=0.001;AO=11;DP=7375;FAO=2;FDP=2000;FDVR=5;FR=.;FRO=1998;FSAF=1;FSAR=1;FSRF=1270;FSRR=728;FWDB=-0.0376145;FXX=0;GCM=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9357;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.207972;RBI=0.0626433;REFB=-0.000122728;REVB=-0.0500933;RO=7340;SAF=8;SAR=3;SPD=0;SRF=4657;SRR=2683;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636403;STB=0.634254;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.119246;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:103:7375:2000:7340:1998:11:2:0.001:3:8:4657:2683:1:1:1270:728 |
| chr1 |
11184573 |
. |
G |
A,T |
131.329 |
PASS |
AF=0,0;AO=0,0;DP=7379;FAO=0,0;FDP=2000;FDVR=10,5;FR=.,.;FRO=2000;FSAF=0,0;FSAR=0,0;FSRF=1270;FSRR=730;FWDB=-0.00237213,0.0157798;FXX=0;GCM=0,0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=290.378,235.362;PB=.,.;PBP=.,.;PPD=0,0;QD=0.262659;RBI=0.0271301,0.0391316;REFB=-2.0022e-07,-1.14964e-07;REVB=-0.0270262,-0.0358089;RO=7364;SAF=0,0;SAR=0,0;SPD=0,0;SRF=4668;SRR=2696;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0,0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:7379:2000:7364:2000:0,0:0,0:0,0:0,0:0,0:4668:2696:0,0:0,0:1270:730 |
| chr1 |
11184574 |
. |
A |
G |
104.074 |
PASS |
AF=0.001;AO=7;DP=7379;FAO=2;FDP=2000;FDVR=10;FR=.;FRO=1998;FSAF=1;FSAR=1;FSRF=1269;FSRR=729;FWDB=-0.00751472;FXX=0;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.914;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.208148;RBI=0.0102961;REFB=6.47254e-06;REVB=-0.0070383;RO=7357;SAF=3;SAR=4;SPD=0;SRF=4665;SRR=2692;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901788;STB=0.633758;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00671441;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:104:7379:2000:7357:1998:7:2:0.001:4:3:4665:2692:1:1:1269:729 |
| chr1 |
11184589 |
. |
C |
G |
105.342 |
PASS |
AF=0.001;AO=2;DP=7397;FAO=2;FDP=2000;FDVR=5;FR=.;FRO=1998;FSAF=0;FSAR=2;FSRF=1246;FSRR=752;FWDB=-0.0333557;FXX=0;GCM=1;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9481;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.210684;RBI=0.050488;REFB=-0.000238464;REVB=-0.0379003;RO=7379;SAF=0;SAR=2;SPD=0;SRF=4669;SRR=2710;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00802721;STB=0.996253;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.148096;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:105:7397:2000:7379:1998:2:2:0.001:2:0:4669:2710:2:0:1246:752 |
| chr1 |
11184592 |
. |
G |
C |
131.331 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=7408;FAO=0;FDP=2000;FDVR=5;FR=.;FRO=2000;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=1246;FSRR=754;FWDB=0.00954396;FXX=0;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1667;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262662;RBI=0.0488153;REFB=-4.80899e-07;REVB=-0.0478732;RO=7386;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=4667;SRR=2719;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:7408:2000:7386:2000:0:0:0:0:0:4667:2719:0:0:1246:754 |
| chr1 |
11184600 |
. |
T |
C |
131.279 |
PASS |
AF=0;AO=5;DP=7412;FAO=0;FDP=1999;FDVR=10;FR=.;FRO=1999;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=1244;FSRR=755;FWDB=-0.0114264;FXX=0.0005;GCM=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=445.617;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262689;RBI=0.0191798;REFB=-9.24475e-08;REVB=0.0154046;RO=7396;SAF=2;SAR=3;SPD=0;SRF=4673;SRR=2723;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:7412:1999:7396:1999:5:0:0:3:2:4673:2723:0:0:1244:755 |
| chr1 |
11187094 |
. |
G |
C,T |
111.875 |
PASS |
AF=0,0;AO=0,0;DP=1704;FAO=0,0;FDP=1704;FDVR=10,5;FR=.,.;FRO=1704;FSAF=0,0;FSAR=0,0;FSRF=1012;FSRR=692;FWDB=0.00609539,-0.0100514;FXX=0;GCM=0,0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=408.817,317.202;PB=.,.;PBP=.,.;PPD=0,0;QD=0.262618;RBI=0.00674209,0.0446225;REFB=4.25818e-07,-8.0497e-07;REVB=0.0028813,0.0434757;RO=1696;SAF=0,0;SAR=0,0;SPD=0,0;SRF=1009;SRR=687;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0,0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:111:1704:1704:1696:1704:0,0:0,0:0,0:0,0:0,0:1009:687:0,0:0,0:1012:692 |
| chr1 |
11187096 |
. |
A |
G |
97.039 |
PASS |
AF=0.000586166;AO=1;DP=1705;FAO=1;FDP=1706;FDVR=5;FR=.;FRO=1705;FSAF=1;FSAR=0;FSRF=1011;FSRR=694;FWDB=-0.00243586;FXX=0;GCM=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.773;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.227524;RBI=0.00391099;REFB=-2.10615e-06;REVB=-0.00305981;RO=1703;SAF=1;SAR=0;SPD=0;SRF=1009;SRR=694;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106613;STB=0.988392;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0160603;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:97:1705:1706:1703:1705:1:1:0.000586166:0:1:1009:694:0:1:1011:694 |
| chr1 |
11188078 |
. |
C |
A,G,T |
88.4433 |
PASS |
AF=0,0,0.000636943;AO=0,0,1;DP=1569;FAO=0,0,1;FDP=1570;FDVR=5,5,10;FR=.,.,.;FRO=1569;FSAF=0,0,1;FSAR=0,0,0;FSRF=781;FSRR=788;FWDB=0.0755545,-0.00404688,0.0172151;FXX=0;GCM=0,0,0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=70.8633,197.541,297.361;PB=.,.,.;PBP=.,.,.;PPD=0,0,0;QD=0.225333;RBI=0.0756673,0.00522554,0.0183086;REFB=-2.67711e-05,-2.89063e-05,-2.5276e-05;REVB=0.00412869,-0.00330591,-0.00623262;RO=1567;SAF=0,0,1;SAR=0,0,0;SPD=0,0,0;SRF=780;SRR=787;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.013732;STB=0.5,0.5,0.99022;STBP=1,1,0.306;TYPE=snp,snp,snp;VARB=0,0,0.0336256;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:88:1569:1570:1567:1569:0,0,1:0,0,1:0,0,0.000636943:0,0,0:0,0,1:780:787:0,0,0:0,0,1:781:788 |
| chr1 |
11188164 |
. |
G |
A,C,T |
131.329 |
PASS |
AF=0,0,0;AO=0,0,0;DP=5555;FAO=0,0,0;FDP=2000;FDVR=5,5,10;FR=.,.,.;FRO=2000;FSAF=0,0,0;FSAR=0,0,0;FSRF=958;FSRR=1042;FWDB=0.000995448,0.0255282,-0.0143519;FXX=0;GCM=0,0,0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=92.576,93.3412,369.713;PB=.,.,.;PBP=.,.,.;PPD=0,0,0;QD=0.262659;RBI=0.0133026,0.0685255,0.0143883;REFB=-0.000512185,0.000547793,-2.99374e-06;REVB=0.0132653,0.0635929,0.00102213;RO=5521;SAF=0,0,0;SAR=0,0,0;SPD=0,0,0;SRF=2662;SRR=2859;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;VARB=0,0,0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:5555:2000:5521:2000:0,0,0:0,0,0:0,0,0:0,0,0:0,0,0:2662:2859:0,0,0:0,0,0:958:1042 |
| chr1 |
11188165 |
. |
T |
A |
131.211 |
PASS |
AF=0;AO=0;DP=5555;FAO=0;FDP=1998;FDVR=5;FR=.;FRO=1998;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=956;FSRR=1042;FWDB=0.00930367;FXX=0.001;GCM=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1459;PB=.;PBP=.;PPD=0;QD=0.262685;RBI=0.0424836;REFB=4.81374e-06;REVB=-0.0414523;RO=5521;SAF=0;SAR=0;SPD=0;SRF=2662;SRR=2859;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0;HS |
GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR |
0/0:131:5555:1998:5521:1998:0:0:0:0:0:2662:2859:0:0:956:1042 |